Zooloģiskais krājums ir viens no daudzveidīgākajiem muzejā, tajā ir iekļautas gandrīz visas mugurkaulnieku un bezmugurkaulnieku sistemātiskās grupas (neskaitot kukaiņus un zirnekļus) – kopumā ap 30 000 vienību.

Entomoloģiskais krājums ir bagātākais sugu un vienību skaita  ziņā. Tajā ir vairāk nekā 60 000 vienību. Entomoloģisko krājumu veido gan vēsturiskie, gan mūsdienās vāktie materiāli un tajā ir pārstāvētas dažādas kukaiņu kārtas.

Paleontoloģisko krājumu veido seno dzīvnieku un augu fosilijas no Latvijas un tai blakus esošajām teritorijām. Šajā krājumā ir gan 430 miljonus gadu senas koraļļu fosilijas un 160 miljonus gadu senas gliemju čaulas, gan vairāk nekā 10 000 gadus seni mamutu un citu kvartāra perioda dzīvnieku kauli. Muzeja paleontoloģiskā krājuma vērtīgākā daļa ir daudzveidīgās devona perioda zivju fosiliju kolekcijas. Īpaši nozīmīgi ir senāko četrkājaino dzīvnieku atlieku atradumi Kurzemē un 1970.

Botāniskajā krājumā ir vairāk nekā 31 000 vienību. Katru gadu muzeja speciālisti to papildina ar Latvijas sistemātisko augu herbāriju un pakāpeniski rada pilnīgu kolekciju. Nozīmīga ir nesen izveidotā Latvijas sūnu kolekcija. Turpinās mieturaļģu herbārija vākšana.

Kopš 1988. gada tiek vākta un regulāri pilnveidota Latvijas sēņu kolekcija (fungārijs).

Latvijas Nacionālais dabas muzejs ir dabas bagātību krātuve, kurā glabājas ģeoloģiskie, entomoloģiskie, paleontoloģiskie, zooloģiskie, botāniskie un antropoloģiskie priekšmeti. Krājums tiek sistemātiski papildināts, ievācot priekšmetus dabā (ekspedīcijās un individuālos izbraukumos), iepērkot, saņemot dāvinājumus vai muitā konfiscētos priekšmetus (Vašingtonas konvencijas objekti). Muzeja krājumā ir daudzas Latvijā un pasaulē izzūdošas un jau izmirušas sugas, tāpēc kolekciju vērtība pieaug un arvien aktuālāka kļūst to ilglaicīga saglabāšana.

Ģeoloģiskajā krājumā ir vairāk nekā 43 000 priekšmetu. Minerāli, ieži un fosilijas ir vāktas kopš muzeja pirmsākumiem un šo kolekciju veidošana turpinās arī pašlaik. Plaša un daudzveidīga ir Latvijas nogulumiežu kolekcija. Neatkārtojamas ir Aizkaukāza un Kolas pussalas iežu un minerālu kolekcijas, kuru ievākšanā piedalījušies ģeoloģijas pulciņa dalībnieki. Arvien tiek papildināta Baltijas dzintara kolekcija.

Latvijas Nacionālais dabas muzejs veic Vašingtonas konvencijas (CITES) zinātniskās institūcijas funkcijas un darbojas Ramsāres konvencijas saziņas programmā.

Latvijas Nacionālais dabas muzejs ir Starptautiskās Muzeju padomes (ICOM) un Latvijas Muzeju biedrības biedrs. 

• Dr.geol. Ivars Zupiņš, paleontologs (LNDM direktora vietnieks krājuma un zinātniskajā darbā, Zinātniskās padomes priekšsēdētājs)
• Dr.biol. Jānis Ozoliņš; terioloģija
• Dr.ģeol. Māris Krievāns; kvartārģeoloģija
• Dr.biol. Mārtiņš Kalniņš; entomoloģija
• Dr.ģeogr.

Latvijas Dabas muzeja atbalsta biedrība dibināta 2002. gadā pēc Latvijas Dabas muzeja atbalstītāju un speciālistu iniciatīvas.

Biedrības mērķi:

• Muzeja akreditācijas apliecība
• Latvijas Nacionālā dabas muzeja nolikums
• Muzeju likums