Botāniskais un mikoloģiskais krājums

Botāniskajā krājumā ir vairāk nekā 31 000 vienību. Katru gadu muzeja speciālisti to papildina ar Latvijas sistemātisko augu herbāriju un pakāpeniski rada pilnīgu kolekciju. Nozīmīga ir nesen izveidotā Latvijas sūnu kolekcija. Turpinās mieturaļģu herbārija vākšana.

Kopš 1988. gada tiek vākta un regulāri pilnveidota Latvijas sēņu kolekcija (fungārijs).