Latvijas Dabas muzeja speciālisti aktīvi iesaistās dažādos projektos, ar to palīdzību sistemātiski tiek papildināts muzeja krājums, uzlabota muzeja pieejamība un pilnveidotas ekspozīcijas. Speciālistiem projekti palīdz pilnveidot savas zināšanas un veikt pētījumus.
Kohēzijas projekta ietvaros tiek veikts būtisks ieguldījums muzeja krājuma veidošanā un tiek uzlabota krājuma glabāšanas infrastruktūra, savukārt Latvijas Vides aizsardzības fonda (LVAF) atbalstīto projektu rezultātā atjaunotas un papildinātas muzeja pastāvīgās ekspozīcijas.