Latvijas Dabas muzejs ir dabas bagātību krātuve, kur glabājas ģeoloģiskie, entomoloģiskie, paleontoloģiskie, zooloģiskie, botāniskie un antropoloģiskie priekšmeti. Kopējais krājuma vienību skaits – 188 211 (01.01.2005.).

  Ļoti vērtīgs mantojums no Rīgas Dabaspētnieku biedrības ( 1845.- 1939.) ir bagātās dabaszinātniskās kolekcijas ar vākumiem no Latvijas un visas pasaules:

  Nozīmīgas ir bijušā Skolu muzeja daudzveidīgās dabaszinātniskās kolekcijas, kā arī ģeoloģijas institūta ģeoloģiskās un paleontoloģiskās kolekcijas.

  Botāniskajā krājumā ir vairāk nekā 31 000 vienību.
  Katru gadu tiek papildināts Latvijas sistemātiskais augu herbārijs (Attēls Nr.4), pakāpeniski radot pilnīgu kolekciju. No 1988.gada tiek vākts un regulāri pilnveidots Latvijas sēņu herbārijs (Attēls Nr.5, 6). Nozīmīga ir nesen izveidotā Latvijas sūnu kolekcija (Attēls Nr.7). Uzsākta mieturaļģu herbārija vākšana. Šīs botāniskās kolekcijas nav domātas eksponēšanai, bet gan zinātniskiem mērķiem.

  Ģeoloģiskajā krājumā plaša ir Latvijas nogulumiežu kolekcija. Neatkārtojamas ir Aizkaukāza un Kolas pussalas iežu un minerālu kolekcijas, kuru ievākšanā piedalījušies ģeoloģijas pulciņa dalībnieki. Arvien tiek papildinātas Baltijas dzintara (Attēls Nr.8) un ahātu kolekcijas. Vērtīgākais pēdējā laika dāvinājums - luminiscējošo minerālu kolekcija.

  Paleontoloģisko krājumu veido seno dzīvnieku un augu fosīlijas no Latvijas un blakus esošajām teritorijām (Attēls Nr.10). Tajā ir gan 2 miljardus gadus vecas aļģu fosīlijas, gan salīdzinoši jauni – vairāk nekā 10 000 gadus seni mamutu un citu kvartāra perioda dzīvnieku kauli (Attēls Nr.10a). Liela vērtība ir daudzveidīgajām devona perioda zivju fosīliju kolekcijām (Attēls Nr.11, 12). Īpaši nozīmīgi ir senāko četrkājaino dzīvnieku atlieku atradumi Kurzemē (Attēls Nr.13) un 1970-to gadu sākumā Lodes mālu karjerā iegūtie pilnībā saglabājušies bruņuzivju (Attēls Nr.14) un daivspurzivju skeleti. 
  Jau ceturto gadu sekmīgi notiek devona zivju materiāla ievākšana Krievijā pie Oņegas ezera (Attēls Nr.15, 16).

  Entomoloģiskais krājums. Sugu bagātības ziņā plašs - 63 000 vienības. Lielākā - Latvijas tauriņu kolekcija, kurā sugu skaits sasniedz 2 tūkstošus (Attēls Nr.17). Savdabīgas un krāšņas ir dažādu vaboļu kolekcijas: koksngrauži (Attēls Nr.18), spīdvaboles, skrejvaboles (Attēls Nr.19a) mīkstspārņi (Attēls Nr.19). Nozīmīga vieta atvēlēta ķērpjutu, skudru (Attēls Nr.20) un ziedmušu (Attēls Nr.21) kolekcijām. 

  Zooloģiskais krājums ir interesants un daudzveidīgs, tā skaitliskais apjoms ir 27 000 vienību. Latvijas putnu kolekcijā ietilpst gandrīz visas Latvijā sastopamās putnu sugas. Kolekcija tiek pilnveidota (Attēls Nr.22, 23, 24). Daudzi svešzemju putni un zīdītājdzīvnieki muzejā nonākuši no Rīgas Zooloģiskā dārza (Attēls Nr.25). Sadarbībā ar Magadanas apgabala muzeju, tapusi Tālo Austrumu putnu izbāžņu kolekcija (Attēls Nr.26). Pēdējos gados ievērojami papildinātas gan svešzemju, gan Latvijas gliemežvāku kolekcijas (Attēls Nr.27). Tās tiek gan vāktas, gan pirktas, gan dāvinātas.
  2000.gadā muzejs saņēma ļoti vērtīgu dāvinājumu - bruņurupuču kolekciju (Attēls Nr.28).

  Tā kā Latvija ir pievienojusies konvencijai ”Par starptautisko tirdzniecību ar apdraudētajām savvaļas dzīvnieku un augu sugām”, muzejs no Rīgas un Latgales muitu reģionālajām iestādēm saņem konfiscētos dabas priekšmetus - koraļļus, gliemjus, krokodilu izbāžņus, krokodilādas un čūskādas izstrādājumus u.c. (Attēls Nr.29).

  Muzeja krājumā ir daudzas Latvijā un pasaulē izzūdošas un jau izmirušas sugas, tāpēc kolekciju vērtība pieaug un arvien aktuālāka kļūst to ilglaicīga saglabāšana.
  Uzsākta muzeja kolekciju elektroniskas datu bāzes veidošana. Lai gan ievadīto vienību skaits pagaidām vēl ir neliels, priekšstatu par Latvijas Dabas muzeja krājumu jau var gūt, ieskatoties mājas lapā http://www.imuzejs.lv